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如果生产流水线很强，则采用直通式物料路线，有时还需要在直通路线中间设多次净化、传递设施。在系统设计上，物净用房的粗净化和精净化阶段由于会吹落很多生微粒，所以相对洁净区应保持负压或零压，如果污染***性大则对入口方向也要保持负压。

和普通舒适性空调的满足人员舒适的要求不同，无尘车间的温湿度控制的精度是为了满足工艺要求，如在某些电子产品的制造中，对温湿度的控制要求非常严格。为了实现恒温恒湿，那么要求空气处理机组中至少要具备制冷、制热、加湿、除湿等功能段，而且需要精密控制的方式；如换热器要采用率的亲水翅片，并且水流量采用比例积分控制，加湿量也要采用比例积分或者是PID调节的方式，以便实现更高的控制精度。而在几乎所有的食用菌生产厂家中，接种车间的卫生环境是关系到整个食用菌生产，自然空气中含有各类的“杂菌”，如在接种、制种环节中受到污染，会大大影响接种成功率及日后食用菌外形长相的美观度。

空气过滤器的选用布置和安装方式，应符合：初效空气过滤器不应选用浸油式过滤器；中效空气过滤器宜集中设置在净化空气调节系统的正压段；为了考虑平时洁净和紧急疏散时的两方面要求，规定洁净区和非洁净区之间的门、洁净区与室外的门作为安全疏散门对待，其开启方向一律朝向疏散方向，当然，单设的安全门也是如此。空气过滤器或亚空气过滤器宜设置在净化空气调节系统末端，空气过滤的安装方式应简便可靠，宜检漏和更换；中效、亚、空气过滤器宜按额定风量选用；阻力、效率相近的空气过滤器宜设置在同一净化车间内。